5月17日，李世石忽然宣布退出韩国棋院职业棋士会，继2009年酿出“休职风波”后，再次在韩国棋坛掀起了万丈波澜。李世石的兄长李相勋九段亦向棋士会提交了退会书。

　　李相勋、李世石兄弟退出棋士会的理由是：“不过是棋手联谊团体的职业棋士会，以不合理的条款约束棋手，我们只想摆脱这种惯例、惯行。”李相勋、李世石兄弟同时又表示：“作为韩国棋院的成员，我们不会辞去棋士资格。”但韩国棋院规定，“脱离棋士会的棋手不能参加韩国棋院主管、主办的比赛”，所以李相勋、李世石兄弟退出棋士会，势必引发韩国职业棋坛的一场大地震。

　　5月17日，2016韩联赛在首尔63大厦举行开幕式之际，李世石向职业棋士会会长梁建九段递交了准备好的退会书。新安天一盐队主教练，李世石的兄长李相勋九段亦递交了退会书。

　　李相勋、李世石兄弟退会的理由是“不过是棋手联谊团体的职业棋士会，以不合理的条款约束棋手，我们只想摆脱这种惯例、惯行”，又指出其中最不合理的条款是：1 、若退出棋士会，一律不能参加韩国棋院主办、主管的比赛。2、作为公积金棋手一律缴纳3~5%的收入。

　　李相勋、李世石兄弟尤其诟病的是公积金制度，公积金的主要作用是棋手隐退时，支付“退休金”性质的，上限4000万韩元的“慰劳金”，对此不仅李世石，其他高收入棋手也是长久以来抱有不满。即李世石一年上缴的收入也有几千万韩元，但退休时也只能拿到4000万韩元。如果以上不合理条款不能合理修改、调整，李相勋、李世石兄弟还准备诉诸法律。不过李相勋、李世石兄弟又表示：“我们不愿和韩国棋院发生冲突，外国主办比赛的收益中拿出10%作为棋院发展基金等政策，我们还是会遵循。”

韩国职业棋士会并不是代表韩国围棋的机构，严格来说只是韩国职业棋手的联谊团体。但代表韩国围棋的韩国棋院，事实上是以职业棋士会为中心运作。棋士会虽然名义上是“联谊会”，但棋士会会长自动担任韩国棋院理事职，而且棋士会指定的棋手出任韩国棋院事务总长职。也就是职业棋士会是韩国棋院事实上的权力机构。

韩国职业围棋的发展有其特殊性，不是由下而上，在广泛的业余土壤上发展而起。而是以赵南哲先生为中心，由上而下发展出职业围棋并普及和推广，在这过程中自然而然形成了“权力机构”的职业棋士会。表面上韩国棋坛有大韩围棋协会、韩国棋院两大机构，但真正运作韩国围棋的是职业棋士会。所以职业棋士会总则明文规定“有权利参与韩国棋院的运营”，而韩国棋院是接受了这一点。

　　李世石迟早会退出棋士会，其实很早就被预见。李世石一直不满上缴3~5%收入，认为“既然是平等的会员，上缴的款额也应该相同”，“不能只由像我这样每年上缴几千万韩元的高收入棋手来负担”。李世石还在他的著述《翻盘》中表示了不满：“棋士会其实并没有给高收入棋手办多少事。”

　　如果棋士会以李世石退会为理由禁止他参赛，李世石就准备诉诸法律，而且已进行了相关的法律咨询。如果职业棋士会认可李世石退会，那么难保其他高收入棋手相继退会，这可能会导致棋士会的瓦解和崩溃。继而有可能出现另立山头的第二个“韩国棋院”或围棋团体，韩国现代围棋在七十年周年之际，忽然陷入了前所未有的大危机。韩国职业棋士会会长梁建说：“本来可以对话解决的事，终于酿出了事态。棋士会准备19日举行代议员会议后召开临时棋士总会会议，讨论对策、寻求解决方案。”